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自动化高通量的单细胞全长转录组分析(SMART-Seq Pro)酶试剂盒Takara

发表于2024年7月20日由上海金畔生物科技有限公司

上海金畔生物科技有限公司代理Takara酶试剂盒全线产品，欢迎访问官网了解更多产品信息。

自动化高通量的单细胞全长转录组分析(SMART-Seq Pro)
品牌	Code No.	产品名称	包装量	价格（元）	说明书	数量
Clontech	640257	SMART-Seq Pro Application Kit	2 Chips	询价
Clontech	640192	ICELL8® 384-Well Source Plate and Seal	Each	询价
Clontech	640018	MSND 384-Well Source Plate and Seal	20/Pack	询价

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SMART-Seq技术助力ICELL8 cx系统单细胞全长转录组分析方案

全长序列覆盖可以实现对整个转录的差异表达分析，并且可以对基因融合、剪接体这类生物标志物进行检测。高灵敏度的SMART-Seq Pro可以胜任以上分析需求。 SMART-Seq Pro Application Kit将SMART-Seq试剂与ICELL8 cx Single-Cell System（Cat No. 640188）相结合，并整合了生物信息学工具，提供一套端到端的单细胞全长转录组分析流程，一次实验可以对1,200~1,500个分离的单细胞进行高效的全长转录组分析。 通过ICELL8 cx系统将细胞分注到ICELL8 350v Chip（Cat No. 640019）空白微孔芯片中。使用ICELL8 cx CellSelect Software鉴定出含单个细胞的微孔，文库构建试剂只被分注到这些选中的微孔中。经过一系列分注和扩增步骤后，获得无偏倚的全长cDNA，并通过Illumina Bead-Linked Transposome（BLT）完成酶切片段化。在这一扩展性的工作流程中，cDNA扩增阶段引入了Illumina特异性接头序列，生成的文库已连接index接头，可直接用于Illumina测序平台。测序过程结束后，获得的测序数据可直接导入Cogent NGS软件工具进行生物信息学分析，解释测序结果。

NOTE：旧版本SMART-Seq Application Kit（Cat No. 640222）依然可以购买。

更多孔板测序应用，请参见 单细胞RNA-Seq / DNA-Seq

■ 概述

· 端到端的解决方案：从文库制备到测序数据分析工具 · 覆盖全长mRNA：捕获转录组中“深藏”的关键生物标志物，如基因融合、剪接异构体 · 高通量单细胞分析：可以平行地从＞1,000个单细胞中生成测序数据 · 样品配置灵活：一次实验最多可对八种细胞样品进行分析 · 减少样品操作：减小数据波动，构建测序文库前自动鉴定并分选出感兴趣的细胞，仅对这些细胞进行试剂分注 · Illumina平台测序文库：制备的测序文库适用于Illumina全系平台

■应用

用于Illumina平台上高通量全长单细胞转录组测序文库制备

图1. SMART-Seq Pro和Smart-seq2在PBMCs中基因检测结果比较

Technote： 点击图片查看

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页面更新：2021-11-24 11:07:55

SMART-Seq Single Cell Kit & SMART-Seq Single Cell PLUS Kit酶试剂盒Takara

发表于2024年7月20日由上海金畔生物科技有限公司

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SMART-Seq Single Cell Kit & SMART-Seq Single Cell PLUS Kit
品牌	Code No.	产品名称	包装量	价格（元）	说明书	数量
Clontech	R400750	SMART-Seq® Single Cell PLUS Kit	48 Rxns	￥47,828
Clontech	R400751	SMART-Seq® Single Cell PLUS Kit	96 Rxns	￥85,494
Clontech	R400744	Unique Dual Index Kit – 48U	48 Rxns	询价
Clontech	R400745	Unique Dual Index Kit – 96U	96 Rxns	询价
Clontech	634470	SMART-Seq Single Cell Kit	12 Rxns	￥13,341
Clontech	634471	SMART-Seq Single Cell Kit	48 Rxns	￥37,759
Clontech	634472	SMART-Seq Single Cell Kit	96 Rxns	￥65,697

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SMART-Seq Single Cell Kit & SMART-Seq Single Cell Plus Kit：更胜一筹的单细胞mRNA全长分析

· 简便，基于Plate的工作流程 - 可直接以FACS或其他方法分选的单细胞起始 · 单管操作流程 - SMART-Seq Single Cell PLUS Kit包含完整的cDNA合成和文库构建流程，分别在单管中进行，减少样品损失与混淆，降低手动操作误差 · 灵敏度高和一致性好 - 非常适用于单细胞（尤其是RNA含量非常低的细胞和细胞核）RNA-Seq的研究，可检测更多基因 · 可靠的全长cDNA分析 - 性能优于许多现有的单细胞全长cDNA合成方法，例如Smart-seq2 · 增强的测序性能 - SMART-Seq Single Cell PLUS Kit整合双端特殊index（UDI），即便多个文库pool后用高通量型Illumina测序仪（如Novaseq）分析，也能得到正确结果 · 高度灵活的工作流程 - 可与自动化设备兼容 · 更高的文库产量 - 更便于使用高通量型Illumina测序仪分析（如Novaseq），或保存剩余的文库用于多次测序

■ 产品说明

SMART-Seq Single Cell Kit (SSsc) 和SMART-Seq Single Cell PLUS Kit (SSsc PLUS) 是Takara科学家专门研发推出的两款具有高灵敏度和高可再现性的试剂盒，适用于单细胞和单个细胞核的RNA-Seq分析。试剂盒采用oligo（dT）引物，可从一些RNA含量非常低的单细胞（如PBMC, T细胞，B细胞）直接起始，并完成全长cDNA的捕获。

SMART-Seq Single Cell Kit是基于经典的SMART技术优化改良而来的单细胞cDNA合成试剂盒，可以提供全长转录本的信息，支持分析转录本异构体、融合基因、点突变等广受科研人员关注的研究内容，具有更高的灵敏度和再现性。此外，该试剂盒还能提供均一的gene body覆盖度，高GC含量转录本也能得到正确分析。这些改进使得SSsc更适合单细胞分析，能得到更多有效reads、更高的基因检测数，对珍贵样本的理解更透彻！这些特点使SSsc远远超过许多现有的单细胞全长cDNA合成方法，例如SMART-Seq2！

SMART-Seq Single Cell PLUS Kit在包含核心的cDNA合成试剂基础上，同时整合了Takara Bio Group专利性的文库构建技术（U.S. Patents 7,803,550, 8,399,199, 8,728,737, 9,598,727, 10,196,686, 10,208,337, and 11,072,823）及单次使用的双端特殊index（UDI），提供完整的单细胞cDNA合成到文库构建的实验体验。建库试剂中包含片段化酶，以实现对合成cDNA的片段化，接着利用特别的茎环形接头构建高品质Illumina文库。在建库阶段，单管两步操作、过程中无需纯化、2 h即可建成文库！

■ SSsc：更胜一筹的单细胞全长转录组分析！

The SMART-Seq Single Cell Kit outperforms Smart-seq2

图1. 与Smart-seq2法的比较

Takara科学家以淋巴母细胞系GM12878单细胞为样本制备文库，分别采用SMART-Seq Single Cell Kit(SSsc,18个重复)和Smart-seq2法（Smart-seq2，20个重复）合成cDNA（均进行19个PCR循环扩增），所有样本都均一化至1.75M paired-end reads，然后制备RNA-Seq文库并进行测序分析。

Panel A 根据cDNA的制备方法不同，结果也不同。相比而言，Smart-seq2结果中比对到线粒体基因组的比率较高，而检测到基因鉴别的reads数相对较少。

Panel B SMART-Seq Single Cell Kit能检测到比Smart-seq2更多的基因。

■ SSsc PLUS Kit：不只是一个Kit，更是完整且更胜一筹的单细胞RNA-Seq建库体验！

为了使单细胞cDNA合成、文库构建实验“一步”到位，我们全新推出了SSsc PLUS Kit，从此您无需再单独购买建库模块，也不用“忍受”不同厂家不同步的供货周期。

从高灵敏度、高重复性的cDNA合成出发，构建更高品质Illumina文库

Takara科学家以10 pg小鼠脑total RNA起始，采用SMART-Seq Single Cell Kit完成cDNA合成。随后分别采用SSsc Plus Kit中的SMART-Seq Library Prep Kit模块与市面上较常用的A公司试剂盒构建文库，并比较性能差异。

从测试数据中可以看出，SSsc PLUS Kit所建文库的产量是A公司Kit产量的5倍，而更高的文库产量更适于高通量型Illumina测序仪，如Novaseq。

两种方法所建文库随后用Nextseq 500完成测序，并对TPM(Transcripts per million)≥0.1的基因数进行统计。相较于A公司文库，SSsc PLUS文库能检出更多的基因，从同样的cDNA起始能“捕获”更全的信息！

比较数据来源于Takara Bio USA, Inc.

SSsc点击图片下载

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更多实验数据：

SSsc Kit

SSsc PLUS Kit

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单细胞NGS解决方案

页面更新：2022-09-02 11:37:45

SMART-Seq v4 Kit & SMART-Seq v4 PLUS Kit酶试剂盒Takara

发表于2024年7月20日由上海金畔生物科技有限公司

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SMART-Seq v4 Kit & SMART-Seq v4 PLUS Kit
品牌	Code No.	产品名称	包装量	价格（元）	说明书	数量
Clontech	R400752	SMART-Seq® v4 PLUS Kit	48 Rxns	￥47,920
Clontech	R400753	SMART-Seq® v4 PLUS Kit	96 Rxns	￥86,457
Clontech	R400744	Unique Dual Index Kit – 48U	48 Rxns	询价
Clontech	R400745	Unique Dual Index Kit – 96U	96 Rxns	询价
Clontech	634888	SMART-Seq v4 Ultra Low Input RNA Kit for Sequencing	12 Rxns	￥13,966
Clontech	634889	SMART-Seq v4 Ultra Low Input RNA Kit for Sequencing	24 Rxns	￥23,654
Clontech	634890	SMART-Seq v4 Ultra Low Input RNA Kit for Sequencing	48 Rxns	￥37,852
Clontech	634891	SMART-Seq v4 Ultra Low Input RNA Kit for Sequencing	96 Rxns	￥66,839
Clontech	634892	SMART-Seq v4 Ultra Low Input RNA Kit for Sequencing	192 Rxns	￥116,774
Clontech	634893	SMART-Seq v4 Ultra Low Input RNA Kit for Sequencing	480 Rxns	￥232,084

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SMART-Seq v4 Kit & SMART-Seq v4 Plus Kit：性能卓越的Ultra low mRNA全长分析

· 高灵敏度 - 可以从10 pg总RNA起始（起始量：1-1000个细胞或10 pg-10 ng总RNA） · 高质量的RNA-Seq数据 - 保留全长基因信息，低rRNA比率，高基因检出数，有效扩增GC-rich转录本 · 单管操作流程 - SMART-Seq v4 PLUS Kit包含完整的cDNA合成和文库构建流程，分别在单管中进行，减少样品损失与混淆，降低手动操作误差 ·增强的测序性能 - SMART-Seq v4 PLUS Kit整合双端特殊index（UDI），即便多个文库pool后用高通量型Illumina测序仪（如Novaseq）分析，也能得到正确结果 ·更高的文库产量 - 更便于使用高通量型Illumina测序仪（如Novaseq）测序，或保存剩余的文库用于多次测序   ■ 产品说明

SMART-Seq v4 Kit（SSv4）和SMART-Seq v4 PLUS Kit是第4代SMARTer Ultra low系统，能正确分析低至10 pg的Ultra low RNA，具有高灵敏度、高再现性的特点。 SMART-Seq v4 Kit是基于经典的SMART技术优化改良而来的，用于Ultra low RNA或少量细胞cDNA合成的试剂盒，提供全长转录本的信息，支持分析转录本异构体、融合基因、点突变等广受科研人员关注的内容，具有更高的灵敏度和再现性。SMART-Seq v4的Oligo中整合锁核酸（Locked Nucleic Acid, LNA）技术，提升了SSv4模板转换效率，能获得更高的再现性、更均一的gene body覆盖度，高GC含量转录本也能得到正确分析。 SMART-Seq v4 PLUS Kit在包含核心的cDNA合成试剂基础上，同时整合了Takara Bio Group专利性的文库构建技术（U.S. Patents 7,803,550, 8,399,199, 8,728,737, 9,598,727, 10,196,686, 10,208,337, and 11,072,823）及单次使用的双端特殊index（UDI），提供完整的Ultra low RNA或少量细胞由cDNA合成到文库构建的实验体验。建库试剂中包含片段化酶，以实现对合成cDNA的片段化，接着利用特别的茎环形接头构建高品质Illumina文库。在建库阶段，单管两步操作、过程中无需纯化、2 h即可建成文库！

■ SSv4 Kit：更受客户认可的经典技术！

图1. SMART-Seq v4 模板转换机制

表1. 1、100、1000个Hela细胞主要mRNA-Seq数据 (Illumina® MiSeq® platform)

表2. 10 pg-10 ng的人脑总RNA的mRNA-Seq (Illumina® MiSeq® platform)

■ SSv4 PLUS Kit：不只是一个Kit，更是完整的Ultra low RNA-Seq建库体验

为了使Ultra low RNA或少量细胞cDNA合成、文库构建实验“一步”到位，我们全新推出了SSv4 PLUS Kit，从此您无需再单独购买建库模块，也不用“忍受”不同厂家不同步的供货周期。

从高灵敏度、高重复性的cDNA合成出发，构建更高品质Illumina文库

Takara科学家从10 pg小鼠脑total RNA起始，采用SMART-Seq v4 Kit完成cDNA合成。随后分别使用SSv4 Plus Kit中的SMART-Seq Library Prep Kit模块与市面上较常用的A公司试剂盒构建文库，并比较性能差异。

比较数据来源于Takara Bio USA, Inc.

从测试数据中可以看出，SSv4 PLUS Kit所建文库的产量高于A公司Kit产量，而更高的文库产量更适于高通量型Illumina测序仪，如Novaseq。

两种方法所建文库随后用Nextseq 500完成测序，并对TPM(Transcripts per million)≥0.1的基因数进行统计。SSv4 PLUS文库能比A公司文库检出更多基因，从同样的cDNA起始能“捕获”更全的信息！

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更多实验数据：

SSv4 Kit

SS v4 Plus Kit

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单细胞NGS解决方案

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SMART-Seq HT Kit & SMART-Seq HT PLUS Kit酶试剂盒Takara

发表于2024年7月20日由上海金畔生物科技有限公司

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SMART-Seq HT Kit & SMART-Seq HT PLUS Kit
品牌	Code No.	产品名称	包装量	价格（元）	说明书	数量
Clontech	R400748	SMART-Seq® HT PLUS Kit	48 Rxns	￥26,309
Clontech	R400749	SMART-Seq® HT PLUS Kit	96 Rxns	￥51,365
Clontech	R400744	Unique Dual Index Kit – 48U	48 Rxns	询价
Clontech	R400745	Unique Dual Index Kit – 96U	96 Rxns	询价
Clontech	634455	SMART-Seq® HT Kit	12 Rxns	￥4,458
Clontech	634456	SMART-Seq® HT Kit	48 Rxns	￥16,049
Clontech	634436	SMART-Seq® HT Kit	480 Rxns	￥118,883
Clontech	634437	SMART-Seq® HT Kit	96 Rxns	￥30,910
Clontech	634438	SMART-Seq® HT Kit	192 Rxns	￥57,064
Clontech	634439	SMART-Seq® HT Lysis Components	96 Rxns	￥1,199

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SMART-Seq HT Kit & SMART-Seq HT Plus Kit：自动化友好型的单细胞mRNA全长分析

· 自动化友好型 - 兼容自动化工作站，更少的时间分析更多的样本 · 高灵敏度 - 可以从单细胞或10 pg总RNA起始（起始量：1-100个细胞或10 pg-1 ng总RNA） · 高质量的RNA-Seq数据 - 保留全长基因信息，低rRNA比率，高基因检出数，有效扩增GC-rich转录本 · 单管操作流程 - SMART-Seq HT PLUS Kit包含完整的cDNA合成和文库构建流程，分别在单管中进行，减少样品损失与混淆，降低手动操作误差 · 增强的测序性能 - SMART-Seq HT PLUS Kit整合双端特殊index（UDI），即便多个文库pool后用高通量型illumina测序仪（如Novaseq）分析，也能得到正确结果 · 更高的文库产量 - 更便于使用高通量型illumina测序仪测序（如Novaseq），或保存剩余的文库用于多次测序

■ 产品说明

SMART-Seq HT Kit（SS-HT）和SMART-Seq HT Plus Kit（SS-HT PLUS）均兼容自动化移液工作站，采用oligo(dT)引物，支持1-100个细胞或10 pg-1 ng总RNA起始。 SS-HT试剂盒是从第4代的SMARTer Ultra Low试剂（SMART-Seq v4）发展而来的，具有简化的操作流程，将原有的反转录和PCR扩增步骤整合为一步，且不影响性能。细胞分离或RNA提取后，仅通过一步RT-PCR扩增双链cDNA，然后进行纯化完成操作。cDNA合成可在4小时内完成，整个文库构建方案可在2天内完成。而且，SMART-Seq HT试剂盒具有与SMART-Seq v4试剂盒相同的灵敏度和可重复性。核心的SMART技术，是一种对全转录组研究，以及包括细胞内剪接位点，可变剪接研究的非常强大的工具，且可以检测全长基因。 Oligo（dT）可以从高品质总RNA（RIN> 8）或完整细胞中特异性扩增mRNA。 通过采用LNA技术，提升了模板转换的效率与基因检出数等性能。 SS-HT PLUS Kit在包含核心的cDNA合成试剂基础上，同时整合了Takara Bio Group专利性的文库构建技术（U.S. Patents 7,803,550, 8,399,199, 8,728,737, 9,598,727,10,196,686, 10,208,337, and 11,072,823）及单次使用的双端特殊index（UDI），提供完整的单细胞cDNA合成到文库构建的实验体验。建库试剂中包含片段化酶，以实现对合成cDNA的片段化，接着利用特别的茎环形接头构建高品质illumina文库。在建库阶段，单管两步操作、过程中无需纯化、2 h即可建成文库！

■ SS-HT Kit：流程缩短、性能不变！

图1 SMART-Seq HT的技术流程

图2 SMART-Seq v4和SMART-Seq HT工作流程的比较

SMART-Seq HT（右）是由SMART-Seq v4方法（左）经过改进而来的一个手动操作时间更短的高通量工作流程。使用FACS方法获得单细胞，SMART-Seq HT试剂盒只需3个操作步骤即可制备cDNA，而SMART-Seq v4试剂盒需要6步。SMART-Seq HT工作流程的一个重要步骤是一步RT-PCR，即使用一步RT-PCR缓冲液，进行高效的反转录和PCR扩增cDNA的过程。

图3 使用SMART-seq v4 kit和SMART-Seq HT kit从FACS分选的293T细胞中获得的高重复性的基因表达数据

使用SMART-Seq v4试剂盒（SSv4_1-SSv4_12）和SMART-Seq HT试剂盒（ HT_1-HT_9）（上图）从21个293T细胞单细胞制备文库，并对每个细胞获得的基因表达性进行评估。层次聚类热图展示了所有细胞之间的Euclidean distances，并显示从0.74到0.97的Pearson相关性。不仅用相同试剂盒制备的细胞之间可以观察到非常高的相关性，而在两种试剂盒之间的相关性也非常高。这些数据表明，SMART-Seq HT的工作流程与SMART-Seq v4相比，在基因表达分析中没有显著的偏差。

■ SS-HT PLUS Kit：不只是一个Kit，更是完整的单细胞RNA-Seq建库体验！

为了使单细胞cDNA合成、文库构建实验“一步”到位，我们全新推出了SS-HT PLUS Kit。

从高灵敏度、高重复性的cDNA合成出发，构建更高品质illumina文库

Takara科学家从10 pg小鼠脑total RNA起始，采用SMART-Seq HT Kit完成cDNA合成。随后分别使用SS-HT Plus Kit中的SMART-Seq Library Prep Kit模块与市面上较常用的A公司试剂盒构建文库，并比较性能差异。

(比较数据来源于Takara Bio USA, Inc.)

从测试数据中可以看出，SS-HT PLUS Kit所建文库的产量是A公司Kit产量的5倍，而更高的文库产量更适于高通量型Illumina测序仪，如Novaseq。

两种方法所建文库随后用Nextseq 500完成测序，并对TPM(Transcripts per million)≥0.1的基因数进行统计。SS-HT PLUS文库能比A公司文库多检出10%的基因，从同样的cDNA起始能“捕获”更全的信息！

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SS-HT Kit

SS-HT Plus Kit

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页面更新：2022-09-02 10:46:54

SMART-Seq Stranded Kit酶试剂盒Takara

发表于2024年7月20日由上海金畔生物科技有限公司

上海金畔生物科技有限公司代理Takara酶试剂盒全线产品，欢迎访问官网了解更多产品信息。

SMART-Seq Stranded Kit
品牌	Code No.	产品名称	包装量	价格（元）	说明书	数量
Clontech	634442	SMART-Seq® Stranded Kit	12 Rxns	￥12,631
Clontech	634443	SMART-Seq® Stranded Kit	48 Rxns	￥41,939
Clontech	634444	SMART-Seq® Stranded Kit	96 Rxns	￥55,549

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SMART-Seq® Stranded Kit

SMART-Seq® Stranded Kit：以单细胞起始，构建高质量的链特异性RNA-seq文库

· 操作简便：以1–1,000个细胞 或10 pg-10 ng的总RNA起始，仅需7h即可完成文库制备； · 高灵敏度：可以单细胞起始，保留链特异性，最终获得全长总RNA序列信息； · 高再现性：准确检测包含编码和非编码RNA在内的全部转录组； · 用途广泛：适用于降解的样本； · 适用对象：人、小鼠、大鼠。   SMART-Seq® Stranded Kit能够直接从1-1,000个完整细胞（或10 pg-10 ng总RNA）起始，制备链特异性Illumina测序文库。本试剂采用随机引物法可以制备完整的转录组文库，并适用于部分降解及低品质的RNA。此外，本试剂采用专有的ZapR技术，在文库制备过程中去除核糖体cDNA。   如果是以oligo-dT引物起始对微量高品质的RNA进行cDNA合成时，推荐使用 SMART-Seq v4 Ultra Low Input RNA Kit for Sequencing 或SMART-Seq HT Kit试剂盒。

图1. SMART-Seq Stranded Kit的技术流程

图2. 使用SMART-Seq Stranded Kit制备文库的结构特征

接头序列包含：通过PCR 1反应添加的可以与Illumina流动池结合生成簇的P7、P5序列（P7以淡蓝色表示，P5以红色表示），用于区分单个lane上多个样本的Index序列（Index 1 [i 7] 序列连接在P7端，Index 2 [i 5]连接在P5端）。并且还包括识别测序引物区域的Read 2（紫色）和 Read 1（绿色）。通过Read 1起始得到的原始RNA的反义链序列，Read 2起始获得的是原始RNA的正义链序列。其中，通过Read 2起始时，前3个碱基（XXX）是SMART-Seq Stranded Adapter衍生的序列。因此在双端测序时，需要在mapping前去掉这3个碱基。

表1.不同样本起始量的分析结果

以人脑总RNA 10 pg至10 ng不同量起始，使用SMART-Seq Stranded Kit制备RNA-Seq文库。该表中所显示的数据是三次重复的平均值，且重复之间相关性系数非常高（Pearson/Spearman表示）。即使起始量为10 pg时，也具有非常高的重现性。

图3. 在低起始量时，SMART-Seq Stranded Kit和Pico v2的比较

Panel A.以人脑总RNA (50 pg-10 ng)起始，分别使用SMART- Seq Stranded Kit和SMARTer Stranded Total RNA-Seq Kit v2 -Pico Input Mammalian (Pico v2)制备RNA-Seq文库（均做三次重复）。从测序数据随机抽取250万paired-end reads进行生物学信息分析。

Panel B.比较这两个试剂盒在总RNA以 50 pg起始制备文库的转录表达水平 (见Panel A)， SMART-Seq Stranded Kit (Pearson =0.97)的再现性高于Pico v2 (pearson =0.92)。

图4. 不同起始量样本的高重现性

利用FACS分离出A375细胞，分别以1-1,000个细胞起始使用SMART-Seq Stranded Kit制备测序文库。其中，以5-1,000个细胞起始时，均做两个重复；以单个细胞起始时，做12个重复。为了作比较，同时使用从两种1,000个细胞中纯化的总RNA制备文库。

Panel A.：1-1,000个细胞起始的分析结果；

Panel B.：通过聚类热图展示了Panel A.中所示的所有样本的Euclidea距离，以及Pearson相关系数（范围为0.85至0.99）。其中单细胞样本标记为Cell1-Cell12，其他样本分别标记为a-b。

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页面更新：2020-04-10 11:06:07

SMART-Seq v4 Ultra Low RNA Kit for the Fluidigm C1 System酶试剂盒Takara

发表于2024年7月20日由上海金畔生物科技有限公司

上海金畔生物科技有限公司代理Takara酶试剂盒全线产品，欢迎访问官网了解更多产品信息。

SMART-Seq v4 Ultra Low RNA Kit for the Fluidigm C1 System
品牌	Code No.	产品名称	包装量	价格（元）	说明书	数量
Clontech	634832	SMARTer Ultra Low RNA Kit for the Fluidigm C1 System	Each	￥13,576
Clontech	634833	SMARTer Ultra Low RNA Kit for the Fluidigm C1 System	Each	￥48,984
Clontech	635025	SMART-Seq v4 Ultra Low Input RNA Kit for the Fluidigm C1 System, 4 IFCs	Each	￥16,692
Clontech	635026	SMART-Seq v4 Ultra Low Input RNA Kit for the Fluidigm C1 System, 10 IFCs	Each	￥33,489

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SMART-Seq v4 Ultra Low RNA Kit for the Fluidigm C1 System —性能卓越的单细胞转录组分析

· 升级的SMART技术—带有LNA修饰的SMART-Seq v4 oligo 加升级的配方带来更好的性能    (更高灵敏度，更好重复性，更多的GC-rich基因) · 文库构建只需2天—cDNA合成约需2h，其次需要在Fluidigm C1平台中运行8小时的    SMART-Seq v4 script，整个文库构建过程可以在2个工作日内完成 · 新script—支持mRNA Seq IFC 和 Open App IFC，SMART-Seq v4 script可以从    Fluidigm Script Hub下载   单细胞转录组研究对于细胞群体内每个细胞的基因表达变化研究是非常重要的。Takara Clontech 开发了兼容Fluidigm IFC （integrated fluidic circuit）的强大的单细胞研究工具。高灵敏度的SMARTer技术结合高通量自动化的Fluidigm C1系统，可以对转录组进行深入细致分析。 我们提供两种版本的单细胞mRNA-Seq 试剂，用于Fluidigm C1单细胞自动制备系统。新版本SMART-Seq v4 Ultra Low Input RNA Kit for the Fluidigm C1 System沿袭了SMART-Seq v4的优势，结合了SMART技术和LNA修饰，称为"SMARTer-seq® chemistry"。本试剂超越了发表过的操作流程和以往版本的试剂，利用本试剂可以获得灵敏度更高，重复性更好，GC-rich、AT-rich基因代表性更好的测序数据。适用于本试剂的新script支持mRNA Seq IFC 和 Open App IFC，可以从Fluidigm Script Hub下载获得。

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页面更新：2022-08-30 08:30:03

SMART-Seq v4 3’DE Kit酶试剂盒Takara

发表于2024年7月20日由上海金畔生物科技有限公司

上海金畔生物科技有限公司代理Takara酶试剂盒全线产品，欢迎访问官网了解更多产品信息。

SMART-Seq v4 3’DE Kit
品牌	Code No.	产品名称	包装量	价格（元）	说明书	数量
Clontech	635040	SMART-Seq v4 3’ DE Kit	96 Rxns	￥48,565
Clontech	635041	SMART-Seq v4 3’ DE Kit	192 Rxns	￥90,089

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SMART-Seq v4 3’DE Kit—简便的高性能单细胞差异表达分析

· 升级的SMART技术—带有LNA修饰的SMART-Seq v4 oligo 加升级的配方带来更好的性能    (灵敏度高，更好重复性，更多的GC-rich基因) · 末端捕获流程—大部分reads集中于3’端，同时维持出色的灵敏度，缩减了差异表达分析需要    的reads数 · 高达12个样品pool—内嵌的indexes作为细胞barcode，可以实现在每个测序lane中高达12个样品    的pool，进一步缩短时间，降低成本   单细胞转录组研究对于研究细胞群内不同单细胞表达情况非常重要。Takara Clontech 研发了单细胞mRNA转录本末端捕获技术，该技术侧重于3’端的末端捕获，使您可以用更少的测序reads获得高品质测序数据。本试剂同样采用了领先的SMART-Seq v4 技术，结合了SMART (Switching Mechanism at 5’ End of RNA Template) 技术和LNA (Locked Nucleic Acid) 技术。 本试剂除了侧重于mRNA转录本3’端外，还包含了内嵌的indexes作为Read2的细胞barcode，可以实现在每个测序lane中高达12个样品的pool，进一步缩减了时间和研究成本。本试剂可以1–10.5 μl体系起始，依赖于Illumina Nextera® XT DNA Library Preparation Kit。本试剂设计并经验证可以用于以下测序平台的cDNA文库和测序文库制备：HiSeq®,NextSeq®,MiSeq®和MiniSeq®。   图1. 末端捕获方法简介   表1. K562单细胞pool文库主要测序数据   图2. 从K562单细胞中检测到的基因数

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SMARTer Stranded RNA-Seq Kit酶试剂盒Takara

发表于2024年7月19日由上海金畔生物科技有限公司

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SMARTer Stranded RNA-Seq Kit
品牌	Code No.	产品名称	包装量	价格（元）	说明书	数量
Clontech	634836	SMARTer® Stranded RNA-Seq Kit	12 Rxns	￥14,891
Clontech	634837	SMARTer® Stranded RNA-Seq Kit	24 Rxns	￥28,073
Clontech	634838	SMARTer® Stranded RNA-Seq Kit	48 Rxns	￥45,293
Clontech	634839	SMARTer® Stranded RNA-Seq Kit	96 Rxns	￥65,759
Clontech	634861	SMARTer® Stranded Total RNA Sample Prep Kit – Low Input Mammalian	24 Rxns	￥46,166
Clontech	634862	SMARTer® Stranded RNA-Seq Kit HT	96 Rxns	￥67,118

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SMARTer Stranded RNA-Seq Kits— Illumina平台链特异性转录组测序文库构建

· 准确-每条转录本的链来源信息的识别准确率>99% · 灵敏-适用于低至100 pg-100 ng的RNA起始。推荐使用去除rRNA或纯化的Poly（A）RNA · 兼容Illumina测序-流程中整合了index和Illumina接头 · 简便-起始到结束不到4小时   SMARTer Stranded Total RNA Sample Prep Kit – Low Input Mammalian (Code No. 634861) -从总RNA到RNA-seq文库的完整解决方案，适用于大部分人、大鼠或小鼠样品。 SMARTer Stranded RNA-Seq Kit HT(Code No. 634862)-采用Illumina高通量index构建96种index RNA-seq文库。其他SMARTer Stranded RNA-Seq Kit采用12种低通量index。 SMARTer Stranded RNA-Seq Kit 提供了一种构建Illumina链特异性测序文库的解决方案，并且链特异性识别准确率>99%，可以从低至100 pg至100 ng的RNA起始获得可靠数据。SMARTer Stranded RNA-Seq Kit 采用随机引物法适用于原核或真核RNA，推荐使用去除rRNA或poly（A）富集RNA样品。本试剂采用改良的核心SMART技术，可以生成完整转录组文库，包括编码和非编码RNA，同时添加index和接头，无需下游文库构建试剂。采用SMARTer Stranded RNA-Seq Kit不到4小时即可构建适用于Illumina测序的index文库。同时提供SMARTer Stranded RNA-Seq Kit HT，包括8条正向引物和12条反向引物可以生成多至96个独立index文库用于高通量研究。 对于10-100 ng总RNA中的rRNA去除，推荐使用RiboGone – Mammalian kit。 SMARTer Stranded Total RNA Sample Prep Kit – Low Input Mammalian 结合了SMARTer Stranded技术和RiboGone rRNA去除技术，可以实现从总RNA样品起始到RNA-seq文库制备的无缝衔接，5 h内即可完成。   不同样品起始量解决方案： · 250 pg-10 ng总RNA，推荐使用 SMARTer Stranded Total RNA-Seq Kit v2- Pico Input Mammalian · 100 ng-1 μg总RNA，推荐使用SMARTer Stranded Total RNA Sample Prep Kit – HI Mammalian

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SMARTer smRNA-Seq Kit for Illumina酶试剂盒Takara

发表于2024年7月16日由上海金畔生物科技有限公司

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SMARTer smRNA-Seq Kit for Illumina
品牌	Code No.	产品名称	包装量	价格（元）	说明书	数量
Clontech	635029	SMARTer® smRNA-Seq Kit for Illumina	12 Rxns	￥8,777
Clontech	635030	SMARTer® smRNA-Seq Kit for Illumina	48 Rxns	￥31,178
Clontech	635031	SMARTer® smRNA-Seq Kit for Illumina	96 Rxns	￥55,431

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SMARTer smRNA-Seq Kit for Illumina—高灵敏度，低偏差的小RNA测序

· 分析不同种类的小RNA—适用于15-150 nt 小RNA测序文库构建 · 起始样品灵活—可以 1 ng-2 μg总RNA或富集的小RNA起始 · Illumina-ready 测序文库—无需接头连接即可添加Illumina接头和indexes序列 · 快速的单管操作—~3 h即可构建测序文库（不包括检测和PCR后片段筛选过程）   发现和分析小非编码RNA(smRNAs)已经成为理解基因表达调控非常重要的一部分。一些熟知的小RNA种类如miRNAs, siRNAs, piRNAs和snoRNAs长度在20到30 nt。 SMARTer smRNA-Seq Kit for Illumina专门设计用于从这些微量小RNA中构建高品质Illumina-ready测序文库。 试剂盒可以直接从1 ng-2 μg总RNA或富集的小RNA样品起始，与SMART-Seq V4 Kit相同，采用了SMART技术和LNA技术，不需要接头连接即可构建测序文库，可以确保多种类小RNA的代表性，并且偏差很小。

图1. SMARTer smRNA-Seq Kit for Illumina技术流程

图2. SMART法smRNA-seq的准确性

表1. 不同类型，不同起始量的总RNA主要测序数据

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低起始量DNA ChIP-Seq酶试剂盒Takara

发表于2024年7月15日由上海金畔生物科技有限公司

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低起始量DNA ChIP-Seq
品牌	Code No.	产品名称	包装量	价格（元）	说明书	数量
Clontech	634865	DNA SMART ChIP-Seq Kit – 12	12 Rxns	￥7,908
Clontech	634866	DNA SMART ChIP-Seq Kit – 48 A	48 Rxns	￥23,872
Clontech	634867	DNA SMART ChIP-Seq Kit – 48 B	48 Rxns	￥23,872
Clontech	634887	ChIP Elute Kit	50 Rxns	￥5,186

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ChIP Elute Kit 和DNA SMART ChIP-Seq Kit— 以微量DNA模板构建Illumina测序文库

· 快速的（1h）DNA洗脱和ChIP解交联 · 无需接头连接即可构建ChIP-seq 文库 · DNA起始样品灵活：100 pg–10 ng ssDNA或dsDNA · 4 h左右即可构建Illumina-ready测序文库   有3种规格可以选择： · DNA SMART ChIP-Seq Kit-12 包含1条正向引物和12条反向indexing引物，    最多可以构建12个indexed文库 · DNA SMART ChIP-Seq Kit-48 A 包含第一组4条正向引物和12条反向indexing引物，    最多可构建48个indexed文库 · DNA SMART ChIP-Seq Kit-48 B 包含第二组4条正向引物和12条反向indexing引物，    最多可以构建48个indexed文库 ChIP Elute Kit采用快速、简便的方法将染色质免疫沉淀实验（ChIP）获得的DNA进行解交联，洗脱和纯化，替代了长时间、繁琐的ChIP实验后期操作。单链DNA(ssDNA)回收只需1 h左右（传统方法通常需要过夜）并可直接用于DNA SMART ChIP-Seq Kit实验。 DNA SMART ChIP-Seq Kit无需接头连接即可在DNA片段末端添加Illumina®专用测序接头。由于ChIP实验获得DNA量比较少，构建ChIP测序(ChIP-seq)文库通常比较困难，尤其是抗体是针对低丰度转录因子时。DNA SMART ChIP-Seq Kit可以从100 pg–10 ng DNA起始构建测序文库用于Illumina平台测序。无论是ChIP实验获得的ssDNA还是双链DNA(dsDNA)都可直接用于DNA SMART ChIP-Seq Kit，从而兼容ChIP Elute Kit或其他方法。本试剂灵敏度高，操作时间少，只需4 h即可从微量DNA起始构建高质量测序文库。 DNA SMART ChIP-Seq Kit采用Takara全新的适用于DNA模板的专利SMART技术（日本专利第 6336080号），构建下一代测序（NGS）文库用于Illumina平台测序。DNA SMART ChIP-Seq Kit的核心模板转换技术，可以微量样品起始，无需接头连接即可添加Illumina测序接头。

图1. DNA SMART ChIP-Seq Kit技术流程

表1. 采用ChIP Elute和传统解交联方法获得DNA构建文库测序数据比较

表2. 不同DNA起始量主要测序数据

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甲基化DNA-Seq酶试剂盒Takara

发表于2024年7月14日由上海金畔生物科技有限公司

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甲基化DNA-Seq
品牌	Code No.	产品名称	包装量	价格（元）	说明书	数量
Clontech	635023	EpiXplore Meth-Seq DNA Enrichment Kit	12 Rxns	￥14,256

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EpiXplore Meth-Seq DNA Enrichment Kit—甲基化DNA下一代测序

· 快速，用户友好的分离甲基化和非甲基化DNA片段操作流程 · 无需接头连接即可构建测序文库 · 25 ng-1 μg的剪切基因组DNA起始 · 约4 h即可以富集的DNA构建Illumina-ready测序文库   EpiXplore Meth-Seq DNA Enrichment Kit 是可以从剪切的基因组DNA中分离甲基化和非甲基化片段，并以富集的DNA片段构建Illumina测序文库的完整系统。富集过程采用目前EpiXplore Methylated DNA Enrichment Kit采用的his-tagged MBD2蛋白质和Capturem Nanoprep Columns进行，约2 h即可分离甲基化、非甲基化片段。接下来，采DNA SMART技术，可以甲基化（或非甲基化，若需要）DNA片段构建Illumina测序文库。 文库构建过程中，DNA SMART技术可以不通过接头连接的方法在DNA片段末端添加Illumina测序接头。这种高灵敏度的技术可以微量DNA样品构建高效测序文库，并且操作时间短，只需4 h。

图1. DNA SMART技术流程

图2. 甲基化、非甲基化DNA片段分离流程

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原始的单细胞RNA-Seq (dT Primed)酶试剂盒Takara

发表于2024年6月26日由上海金畔生物科技有限公司

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原始的单细胞RNA-Seq (dT Primed)
品牌	Code No.	产品名称	包装量	价格（元）	说明书	数量
Clontech	634848	SMARTer® Ultra® Low Input RNA Kit for Sequencing – v3	12 Rxns	￥19,062
Clontech	634851	SMARTer® Ultra® Low Input RNA Kit for Sequencing – v3	96 Rxns	￥88,853
Clontech	634852	SMARTer® Ultra® Low Input RNA Kit for Sequencing – v3	192 Rxns	￥139,564
Clontech	634853	SMARTer® Ultra® Low Input RNA Kit for Sequencing – v3	480 Rxns	￥343,022
Clontech	634849	SMARTer® Ultra® Low Input RNA Kit for Sequencing – v3	24 Rxns	￥34,495
Clontech	634828	SMARTer® Ultra® Low Input RNA for Illumina® Sequencing – HV	96 Rxns	￥107,561
Clontech	634936	SMARTer® Ultra® Low RNA Kit for Illumina® Sequencing	100 Rxns	￥104,281

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原始的单细胞RNA-Seq (dT Primed)

我们提供多代单细胞转录组分析试剂盒。这些试剂盒的核心技术-SMART技术(Switching Mechanism at 5’ End of RNA Template)提供了全长转录信息，使分析剪切异构体、基因融合、点突变等成为可能。

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PicoPLEX DNA-seq Kit酶试剂盒Takara

发表于2024年6月26日由上海金畔生物科技有限公司

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PicoPLEX DNA-seq Kit
品牌	Code No.	产品名称	包装量	价格（元）	说明书	数量
Clontech	R300381	PicoPLEX® DNA-seq Kit	48 Rxns	￥18,375

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Illumina单细胞起始高再现性测序文库构建

PicoPLEX® DNA-seq Kit

· 高再现性：拷贝数变异（CNV）及染色体异倍性检测重复性高 · 完整的文库构建试剂：包含所有文库构建所需试剂 · 简便的工作流程：从单细胞到测序可用文库仅需三步 · 快速：3小时内完成Illumina NGS文库构建 · 低污染、低错误发生率：单管内完成文库构建，无需转移

■ 产品说明：

PicoPLEX® 技术过去常结合基因芯片技术用于检测单细胞层面基因拷贝数变异，现在可以在单管中构建Illumina NGS分析的文库。PicoPLEX® WGA在全球被IVF行业供应商信赖并用于胚胎植入前遗传学筛查和诊断（PGS/PGD）。 PicoPLEX® DNA-Seq Kit简化了文库制备的过程；整个制备过程可在单管或单孔中完成，降低了错误和样品污染的概率，加速了实验进程，并且削减了实验成本。PicoPLEX® DNA-Seq Kit具有48次反应规格，具备完整的48个单独细胞或DNA（6 pg至60 pg）起始的NGS文库构建试剂，包括dual Barcodes。单微孔板中含有Barcoding Oligonucleotides。

图1. PicoPLEX 技术概要

图2. PicoPLEX DNA-seq测序工作流程。用于Illumina NGS平台测序文库构建的主要步骤，其中PCR板可用单管代替。

图3. 染色体异倍性分析的重复性。经流式细胞仪分选出11个不同步的H929细胞，使用本试剂盒制备文库后，经MiSeq测序，将获得的35个base single-end reads比对到人类基因组，对总计250,000 reads进行分析，各细胞得到的结果相同，显示了很高的重现性。

图4. NGS与Array分析的比较验证。使用同一胚胎单细胞库分别进行Array和NGS分析，确认本制品和24 sure array（Illumina）两者的等效性。NGS的结果与Array的结果一致。测序结果显示：2p检测到末端丢失（图示），12q检测到末端增加（数据未展示），经高分辨率的FISH分析确认，是与亲代DNA漏检的易位相关。 *数据来源于Genetics & IVF Institute.

图5. 无需进行文库定量。采用流式细胞仪分选的不同步的H929细胞，使用本试剂盒进行文库构建后，Miseq平台进行测序。由于本产品高重复性的特点，在文库pooling前无需进行定量。注: 图中空白的条带表示该位置处细胞缺失。

■ 产品组成

· Cell Extraction Buffer（Green） · Extraction Enzyme Dilution Buffer（Violet） · Cell Extraction Enzyme（Yellow） · Pre-Amp Buffer（Red） · Pre-Amp Enzyme（White） · Amplification Buffer（Orange） · Amplification Enzyme（Blue） · Nuclease-Free Water（Clear） · Dual Index Plate · Quick Protocol

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ThruPLEX DNA-seq Kit酶试剂盒Takara

发表于2024年6月25日由上海金畔生物科技有限公司

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ThruPLEX DNA-seq Kit
品牌	Code No.	产品名称	包装量	价格（元）	说明书	数量
Clontech	R400406	ThruPLEX® DNA-seq 48D Kit	48 Rxns	￥19,372
Clontech	R400407	ThruPLEX® DNA-seq 96D Kit	96 Rxns	￥34,866
Clontech	R400428	ThruPLEX® DNA-seq 12S (48)Kit	48 Rxns	￥19,343

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Illumina测序文库构建

ThruPLEX® DNA-seq Kit

· 高灵敏度、高性能：以低至50 pg至50 ngDNA为起始材料 · 完整的文库构建试剂：优化的检索引物和接头试剂、酶、缓冲液及无核酸酶水 · 快速简便的工作流程：单管或单孔3步操作，2小时，无需转移操作 · 兼容主流目标区域富集平台：Agilent SureSelect®, Roche Nimblegen® SeqCap® EZ    及 IDT xGen® Lockdown® probes

■ 产品说明：

ThruPLEX DNA-seq Kit 基于新的ThruPLEX 技术，可以低至50 pg的DNA起始构建DNA文库，在提高灵敏度的同时可以构建多达96种检索引物文库。本试剂适用于多种样品来源的片段化DNA样品，基因组DNA或体液样品如游离DNA，FFPE样品来源DNA和cDNA。ThruPLEX DNA-seq Kit 整体流程可以在单管或单孔中进行，约2个小时即可完成，无需纯化或样品转移步骤。试剂盒提供12、48或96种Illumina单端或双端检索引物，该系列引物保存在反应管中(6或12)或预分装密封于条形码标记的微孔板中。ThruPLEX DNA-seq Kit 可以用于DNA-seq，RNA-seq，ChIP-seq，并且可以兼容主流平台实现强有力的目标区域富集。

图1. ThruPLEX DNA-seq Kit单管操作流程。

图2. ThruPLEX DNA-seq Kit技术概要。ThruPLEX技术以片段化双链DNA起始(0.05 ng至50 ng)只需3步反应，简单高效。

图3. ThruPLEX DNA-seq Kit 优于其他NGS文库制备试剂。与其他试剂相比，ThruPLEX DNA-seq Kit可以更少的起始DNA，构建多样性更好（左图），重复更少（右图）的文库（25 M read pairs）。NGS文库分别采用图示对照gDNA起始量，以相应的文库制备试剂制备，采用MiSeq v3 flow cell测序。 *数据来源于Takara Bio Inc.

图4. ThruPLEX DNA-seq Kit 减少了GC偏差。以人类基因组相对覆盖度为GC含量（%）的函数（50 ng DNA起始）。（左图）ThruPLEX DNA-seq Kit 在整个范围内都有出色的覆盖。（右图）ThruPLEX DNA-seq Kit （金色）与参试的其他试剂一样好或更好。请注意，在这些图中最理想的覆盖度应该为1。人类基因组中的GC含量分布以红色柱形图表示。 *数据来源于Takara Bio Inc.

图5. ThruPLEX DNA-seq Kit的起始量更低、范围更广。与其他试剂相比，ThruPLEX DNA-seq Kit的起始量灵敏度是其他试剂的20倍，起始量范围从50 pg至50 ng，无需流程或接头浓度优化，并且包含检索引物和接头。

图6. ThruPLEX DNA-seq Kit工作流程优势：2小时即可获得高质量NGS文库。ThruPLEX DNA-seq Kit将双链DNA制备成检索引物文库只需3步：末端修复，接头连接，及高保真文库扩增。 简化的工作流程，在单管或单孔中2个小时即可完成，避免样品损失及操作误差。

■ 产品组成

· Template Preparation Buffer（Red） · Template Preparation Enzyme（Red） · Library Synthesis Buffer（Yellow） · Library Synthesis Enzyme（Yellow） · Library Amplification Buffer（Green） · Library Amplification Enzyme（Green） · Nuclease-Free Water（Clear） · Indexing Reagent（Blue）or Indexing Plate

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ThruPLEX Plasma-seq Kit酶试剂盒Takara

发表于2024年6月24日由上海金畔生物科技有限公司

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ThruPLEX Plasma-seq Kit
品牌	Code No.	产品名称	包装量	价格（元）	说明书	数量
Clontech	R400490	ThruPLEX® Plasma-seq 12S Kit	12 Rxns	￥6,297
Clontech	R400491	ThruPLEX® Plasma-seq 48S Kit	48 Rxns	￥21,798
Clontech	R400492	ThruPLEX® Plasma-seq 96D Kit	96 Rxns	￥39,157

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高品质血浆来源cell free DNA NGS文库构建试剂

ThruPLEX® Plasma-seq Kit

· 专为cfDNA设计：经过优化的修复及连接试剂 · 高品质NGS文库：在宽广的GC含量范围内，可以达到高检测再现性 · 起始量范围广：＜1 ng到30 ng cfDNA量 · 快速简便：无需纯化或样品转移的单管、2小时、3步操作步骤 · 应用领域：液态活检、ctDNA、目标区域测序等领域文库构建 · 兼容自动化平台：Beckman® FXP Workstation

■ 产品说明：

ThruPLEX® Plasma-seq基于ThruPLEX技术，并用于血浆来源cfDNA高品质NGS文库构建。 该试剂专门针对cfDNA进行优化，在保持样本GC代表性的基础上，提升了文库的信息容量。文库构建后可用于CNV分析、全基因组测序分析或是采用一些panel针对目标区域进行捕获富集后的DNA分析,如Agilent SureSelect® and Roche NimbleGen SeqCap® EZ。 血浆样品采用ThruPLEX Plasma-seq试剂盒制备文库，能有更好的灵敏度、更准确的基因变异分析结果。与其它液态活检的样品一样，血浆由于其易获得、价值高的特点，深受研究肿瘤学或者孕妇血浆中胎儿游离DNA科研工作者的重视。

图1. ThruPLEX® 技术概要。ThruPLEX Plasma-seq Kit技术3步反应即可完成针对cell free DNA的建库工作。1~30 ng含量的cf DNA首先高效的进行末端修复。通过采用茎环形接头（无单链尾巴）进行高效平端连接，降低了背景。封闭的5’端阻止了接头-接头二聚体形成。随后未使用的接头被降解，进一步降低背景。高保真度扩增的方式完成以上反应，并获得含有illumina index的文库。

（*图片来源于Takara Bio USA,Inc.）

图2. 高cfDNA文库多样性、更少的Unmapped Reads。ThruPLEX Plasma-seq Kit构建的文库，具有高的多样性和低的duplicates和unmapped reads。图中表示cfDNA分别提取于3份血浆样品，文库定量采用Qubit荧光定量。Bioanalyzer测定mononucleosomal DNA在各样品的量分别为0.09 ng、0.62 ng、15.44 ng。Pooled libraries采用illumina NextSeq 500 paired end模式测序，且每个文库产生17 M到25 M reads。每个文库在down-sampling数据至17 M reads以后，计算Duplication rates。

（*图片来源于Takara Bio USA,Inc.）

图3. 优异的靶向测序文库构建能力。图中所示ThruPLEX Plasma-seq Kit构建的文库通过panel进行高效捕获，对kinome进行深度测序分析以检测突变。3个血浆样品分别起始建库量为5 ng、6.5 ng、10 ng，三次重复。目标区域采用SureSelectXT2的ClearSeq Human DNA Kinome Panel进行捕获，并用Illumina Miseq平台进行测序，平均每个文库获得5 M reads，目标碱基被成功捕获分析。

（*图片来源于Takara Bio USA,Inc.）

图4. 高重复性的、无偏倚的GC覆盖度。针对人类基因组，ThruPLEX Plasma-seq Kit表现出高再现性、低偏倚GC覆盖度NGS文库构建能力。9次独立的血浆样品文库构建的实验结果表明，ThruPLEX重复性高于其它产品。文库的制备是利用的1 mL血浆来源cfDNA，后续采用illumina NextSeq 500进行测序。作为对比，A公司试剂构建了4份独立血浆样品的文库。

（*图片来源于Takara Bio USA,Inc.）

图5. Karolinska协会和CRUK测试的结果。5 ng游离cf DNA采用ThruPLEX Plasma seq Kit进行illumina文库构建。结果表明利用Hiseq平台进行的Low-pass WGS,每个文库能获得接近12.5 M reads。

（*以上数据来源于Karolinska 协会，瑞典）

■ 产品组成

· Template Preparation Buffer（Red） · Template Preparation Enzyme（Red） · Library Synthesis Buffer（Yellow） · Library Synthesis Enzyme（Yellow） · Library Amplification Buffer（Green） · Library Amplification Enzyme（Green） · Nuclease-Free Water（Clear） · Indexing Reagents（Blue） · Quick Protocol（N/A）

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皮克级链特异 Total RNA-Seq (for Illumina)酶试剂盒Takara

发表于2024年1月16日由上海金畔生物科技有限公司

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皮克级链特异 Total RNA-Seq (for Illumina)
品牌	Code No.	产品名称	包装量	价格（元）	说明书	数量
Clontech	635005	SMARTer® Stranded Total RNA-Seq Kit – Pico Input Mammalian	12 Rxns	￥15,684
Clontech	635006	SMARTer® Stranded Total RNA-Seq Kit – Pico Input Mammalian	48 Rxns	￥46,033
Clontech	635007	SMARTer® Stranded Total RNA-Seq Kit – Pico Input Mammalian	96 Rxns	￥63,435
Clontech	634411	SMARTer® Stranded Total RNA-Seq Kit v2 – Pico Input Mammalian	12 Rxns	￥12,881
Clontech	634412	SMARTer® Stranded Total RNA-Seq Kit v2 – Pico Input Mammalian	48 Rxns	￥43,794
Clontech	634413	SMARTer® Stranded Total RNA-Seq Kit v2 – Pico Input Mammalian	96 Rxns	￥57,613
Clontech	634414	SMARTer® Stranded Total RNA-Seq Kit v2 – Pico Input Mammalian	192 Rxns	￥103,664

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SMARTer Stranded Total RNA-Seq Kit v2 – Pico Input Mammalian以皮克级总RNA构建Illumina链特性RNA-seq文库

· 皮克级样品起始—可以250 pg-10 ng人，小鼠或大鼠总RNA起始 · 用途广泛—可以不同品质RNA（包括FFPE/LCM样品及游离RNA）制备文库，获得高重复再现数据 · 性能提升-不增加PhiX也可获得较高的簇通过过滤百分比（FP%），识别更多转录本，重复更少 · 保留链来源信息—转录本链来源信息识别准确度高 · 快速，一体化流程—整体流程只需~6 h ，改良了buffer配方，缩短了文库纯化时间 · 无缝衔接Illumina测序—直接制备多达96种index的 Illumina®-ready文库   SMARTer Stranded Total RNA-Seq Kit v2 – Pico Input Mammalian设计用于从皮克级总RNA(250 pg–10 ng)中高效制备Illumina测序文库。本试剂中采用的技术适用于高品质，部分降解及低品质RNA（如来自于FFPE或LCM样品）。本试剂是一体化操作流程，保留了链来源信息，并且不需要下游文库制备，在反转录和PCR扩增过程中就可以添加indexes和接头。升级产品与原有SMARTer 皮克级产品相比，提升了在所有Illumina测序平台的测序性能，并且文库纯化操作更加方便。 核糖体RNA在总RNA中占有很高的比重（~90%）。在制备文库前从总RNA中去除掉这些大量的RNA，有利于降低测序成本，提高统计数据的比对比率。但是在以微量样品起始时，如果一开始就从总RNA中去除rRNA，会造成纯化后的起始样品太少而不能制备高品质测序文库，本试剂采用专有的特异针对哺乳动物rRNA和部分线粒体RNA的探针去除核糖体cDNA（来源于核糖体RNA的cDNA片段）。采用本试剂制备的文库与前代试剂制备的文库接头配置不同，即使是使用基于双通道SBS技术的Illumina平台如NextSeq®， MiniSeq™， 和 HiSeq® 3000/4000测序时，不需要添加大量PhiX也可以获得高比例的簇通过过滤百分比(%PF)。每个run可以获得更多的生物学相关测序reads，这又反过来减少了测序成本。采用Pico v2 Kit同样可以获得更多的特异转录本，更低的rRNA、mtRNA比对率和重复率。此外，Pico v2 Kit包含了一种新的PCR buffer，提高了文库纯化效率。 试剂盒提供12，48，96和192次反应规格。高通量版本试剂 (Code No. 634413,634414) 包含12种反向引物，8种正向引物，最多可以构建96种indexes文库。包括文库构建及纯化的整体流程只需~6 h。   不同样品起始量解决方案： · 10-100 ng 总RNA, 推荐使用 SMARTer Stranded Total RNA Sample Prep Kit – Low Input Mammalian · 100 ng-1 μg总RNA, 推荐使用SMARTer Stranded Total RNA Sample Prep Kit – HI Mammalian   图1. SMARTer Stranded Total RNA-Seq Kit v2 – Pico Input Mammalian技术流程   图2. SMARTer Stranded Total RNA-Seq Kit v2 – Pico Input Mammalian提高了通过过滤百分比（FP%）。如图所示，分别采用Pico v1 或Pico v2制备文库并使用NextSeq 500 或 MiniSeq平台测序。图中，蓝色图框表示未过滤（原始）reads的簇密度分布，绿色图框表示通过过滤reads的簇密度分布。 图中显示了通过过滤的reads数（以百万计）和每个run的%PF。

图3. 新的SeqAmp CB PCR buffer利于磁珠-沉淀物形成。Pico v2中的PCR buffer经过重新设计可以更快、更紧密的形成磁珠-沉淀物。经过磁力分离后，在新的SeqAmp CB buffer（右）中的沉淀物比原来PCR buffer（左）中的沉淀物更紧密。紧密的沉淀物比松散的沉淀物更容易干燥，易于重悬。

图4. SMARTer Stranded Total RNA-Seq Kit v2 – Pico Input Mammalian 提升了灵敏度和重复再现性。上图为以1 ng和10 ng人肺FFPE来源的总RNA起始，分别采用Pico v1和Pico v2构建文库，NextSeq 500测序数据。Panel A. 以1 ng和10 ng样品起始，分别采用Pico v1和v2构建文库的测序数据。Panel B. 不同样品起始量之间，转录本表达水平的比较分析。

Technote： 点击图片查看 SMARTer Stranded RNA-Seq PICO： 点击图片下载         FFPE样本的RNA-Seq文库解决方案 点击图片下载   产品详情请点击：

页面更新：2020-04-10 13:16:48